Il Mississippi ha una superficie di 125.433 km², con distanze massime di 530 km da nord a sud, e di 290 km da est a ovest. L'altitudine, la cui media è di 90 m, va dal livello del mare, lungo il golfo del Messico, ai 246 m della cima del monte Woodall, nel nord-est; l’estensione costiera misura 71 km. La maggior parte del territorio dello stato si estende nella sezione orientale della Pianura costiera del Golfo, costituita perlopiù da basse colline, come le Pine Hills e le North Central Hills; alcuni rilievi si trovano nella Pontotoc Ridge e nelle Fall Line Hills, a nord-est, mentre le zone fertili si trovano a ovest e a nord-ovest. La costa, incisa da numerose baie e insenature, è separata dal golfo del Messico dal cosiddetto Mississippi Sound, un braccio di mare poco profondo parzialmente delimitato dalle isole Petit Bois, Horn, Ship e Cat. Il resto del territorio è una sezione della fertile pianura alluvionale del Mississippi.