Dadas las condiciones climáticas en la región, la vegetación predominante son los bosques y los prados naturales. El bosque templado lluvioso es el más extendido hacia el interior y presenta especies como el roble, el raulí, el coihué, el ciprés, la lenga y el alerce. También aparece en la región otro bosque más denso, conocido como selva valdiviana, con especies como el alerce, el canelo, el olivillo, el laurel, el avellano y el arrayán, además de una vegetación arbustiva de quilas y helechos que lo hacen prácticamente impenetrable.

Bosques, lagos, islas, volcanes, fiordos y glaciares confieren a esta región una excepcional belleza paisajística, apreciable en sus numerosos espacios protegidos y parques nacionales, como los de Vicente Pérez Rosales, Puyehue, Chiloé, Hornopirén y Alerce Andino.