La primera expedición española en lograr resultados duraderos estuvo encabezada por Miguel López de Legazpi, que desembarcó en 1564. Legazpi aumentó gradualmente el poder español sobre las islas y, en 1572, estableció Manila como centro administrativo. Después de 1580, año en el que el rey Felipe se convirtió también en rey de Portugal, se eliminaron las diferencias territoriales con los portugueses.

Representantes de varias órdenes religiosas católicas, como los agustinos, los dominicos, los franciscanos y los jesuitas, llegaron a las islas inmediatamente después del éxito de la expedición de Legazpi. Las conversiones fueron rápidas, la coacción mezclada con el esplendor ceremonial de los ritos católicos causó temor y admiración a los pueblos nativos.

El trabajo de los misioneros fue de gran importancia para el establecimiento del gobierno español y fue fundamental para los propios filipinos, pues una religión común hizo que disminuyeran sus diferencias culturales. Las órdenes monásticas con el paso del tiempo aseguraron la posesión de grandes extensiones de tierra y llegaron a tener una gran riqueza y poder político.

Otras naciones europeas, a finales del siglo XVI, intentaron establecerse en Filipinas. Marineros ingleses, como sir Francis Drake en 1579, persiguieron a los barcos españoles que servían de enlace entre las islas y los territorios del Imperio español. Más tarde, los holandeses empezaron a desarrollar un imperialismo activo en Oriente, realizaron incursiones en las islas y apresaron barcos comerciales no solamente españoles, sino también