Nel 1382, Jayastithi Malla (tredicesimo re della dinastia) insediò la sua capitale a Bhadgaon, restaurando l’autorità regale. Fine legislatore, riorganizzò la società newar e unificò il sistema dei pesi e delle misure. Nel 1482, alla morte di Yaksha Malla, il regno si divise in tre parti (Kathmandu, Bhadgaon e Patan), ognuna delle quali continuò tuttavia a godere di un notevole benessere.

Nella parte occidentale del Nepal, nel VII secolo genti khas arrivate dall’India costituirono un potente stato. I khas parlavano una lingua indoaria (dalla quale derivò il moderno nepalese). L’impero Khas Malla si divise nel XIV secolo in una ventina di diversi regni, uniti tra loro in una confederazione. I khas si espansero in seguito nel Nepal centrale, creandovi una nuova confederazione di principati.