También destacan la explotación forestal para la industria maderera y la producción ganadera (láctea), pues Los Lagos constituye la primera región chilena en cría de ganado vacuno. En el sector pesquero, la salmonicultura es una de las actividades que emplea más mano de obra y genera mayores exportaciones, junto con la de mariscos. Durante décadas ha destacado la ostricultura en las islas de Chiloé.

A diferencia de otras regiones chilenas, Los Lagos no tiene importantes reservas mineras; solo hay carbón en Llanquihue, y uranio en Osorno. En la zona cordillerana destacan los depósitos de azufre y algunos lavaderos de oro. La actividad industrial se centra en la transformación de los productos agropecuarios (conservera) y madereros, está muy desarrollada y constituye uno de los principales focos manufactureros de Chile.

Destacan, en este sentido, las ciudades de Osorno (industrias cárnicas y lácteas), Puerto Montt (con serrerías, papeleras y una industria alimentaria), Ancud (fábricas cárnicas y de pescados), y Chaitén (industria textil).

En el producto interior bruto (PIB) regional destacan varios sectores: pesca, agropecuario-silvícola, comercio e industria manufacturera. En los últimos años esta estructura económica ha incorporado un ligero incremento en el sector turismo. La región representa la puerta de entrada a la Patagonia chilena, y alberga numerosos lugares de interés natural, como la ruta austral Puelo-Futaleufú, el Monumento natural Alerce Costero o el Parque nacional de Puyehue.