Este fue boicoteado por los Hermanos Musulmanes, así como por los principales partidos legales no oficialistas (el liberal Wafd, el Partido Democrático Nasserista y el también izquierdista Tagamua) y por la plataforma Movimiento Egipcio por el Cambio.

El 23 de julio de ese mismo año 2005, se produjo una cadena de explosiones en Sharm el Sheij, destino de numerosos turistas occidentales. El balance de este atentado, reivindicado por una célula egipcia de la organización terrorista islamista Al Qaeda, fue de más de 80 víctimas mortales y más de 150 heridos. En septiembre, y según lo esperado, Mubarak fue reelegido presidente al recibir el 88,6% de los votos en unas elecciones caracterizadas por el bajo índice de participación (23%). Además de por la alta abstención, el nuevo triunfo de Mubarak (primero frente a otros candidatos) se vio empañado por las denuncias de fraude dirigidas desde diversos sectores de la oposición.

En los comicios legislativos que tuvieron lugar en noviembre y diciembre, el PND revalidó su mayoría absoluta en la Asamblea Popular; sin embargo, los candidatos independientes vinculados a los Hermanos Musulmanes lograron un gran avance. En 2007, el gobierno de Mubarak promovió 34 enmiendas constitucionales que fueron aprobadas en un referéndum celebrado el 26 de marzo de ese año. Entre las principales disposiciones sancionadas por esta reforma constitucional, rechazada de plano por el conjunto de la oposición, se encontraban, entre otras, la prohibición de los partidos políticos religiosos, la posibilidad de reelección presidencial sin límite de mandatos o la supresión de la supervisión judicial de los procesos electorales.