Las principales cumbres están constituidas por los cerros Paramillo, Miraflores y La Fragua, que superan los 400 metros.

En el territorio caqueteño nacen parte de los ríos que integran la cuenca hidrográfica del Amazonas; entre los que bañan al Caquetá se encuentran el Apaporis, el Caguán, el Yarí y el Orteguaza. Fruto de la colonización que ha provocado la apertura de tierras para la agricultura y la ganadería, parte de su bosque ha sido talado e incendiado; sólo queda una parte poco intervenida, donde habitan comunidades indígenas en resguardos (reservas) y que se ha convertido en refugio importante para la fauna.