Tra i principali problemi ambientali che le isole Comore devono affrontare i più gravi sono rappresentati da deforestazione e degrado del suolo. Il 59,2% (2003) del territorio è coltivato e il depauperamento e l’erosione del suolo sono il risultato della coltivazione sulle pendici senza l’opportuna creazione di terrazze. Anche l’originaria foresta pluviale è ormai circoscritta a una minima parte del territorio. Una percentuale piuttosto alta della già limitata biodiversità dell’isola è compromessa; la pesca e il turismo stanno danneggiando le barriere coralline. Il governo ha ratificato accordi internazionali sull’ambiente in materia di biodiversità, desertificazione, specie in via d’estinzione, protezione dell’ozonosfera e zone umide.