Los votantes respaldaron al ex presidente Luis Alberto Lacalle, al ex intendente (alcalde) de Montevideo Tabaré Vázquez y al senador Jorge Batlle Ibáñez como candidatos a la presidencia de la República por el Partido Nacional, la coalición Encuentro Progresista-Frente Amplio y el Partido Colorado, respectivamente. Con estas elecciones primarias se ponía fin a un complejo sistema de elecciones internas en el seno de los partidos que incluía la presentación en los comicios de distintas candidaturas bajo las siglas de un mismo partido, aunque denominadas de acuerdo al nombre de la facción correspondiente.
Tabaré Vázquez venció en la primera vuelta de las elecciones presidenciales, celebradas el 31 de octubre de 1999, al lograr el 38,51% de los votos. En segundo lugar se situó Jorge Batlle Ibáñez, que obtuvo el 31,32%, seguido de Luis Alberto Lacalle, que llegó al 21,29 por ciento. La cuarta fuerza en discordia, Nuevo Espacio (NE), del senador socialdemócrata Rafael Michelini, apenas superó el 4,3%. En cuanto a las legislativas, que tuvieron lugar ese mismo día, Encuentro Progresista-Frente Amplio obtuvo 40 diputados, el Partido Colorado, 32, el Blanco, 22, y NE, cuatro. La participación llegó al 92,33 por ciento. El 28 de noviembre se celebró la segunda vuelta de las presidenciales, con un 90% de participación, y Batlle derrotó a Vázquez con un 51,6% de los votos frente al 44% de aquél, después de que el Partido Nacional uniera sus fuerzas al Colorado de Batlle, quien el 1 de marzo de 2000 sucedió como presidente de la República a Sanguinetti.