De acuerdo con el nuevo texto, modificado en 1995, el poder legislativo está integrado por la Asamblea Nacional (que actualmente forman 160 miembros elegidos por sufragio universal para un periodo de cuatro años) y el Senado (100 escaños; una tercera parte de los senadores son escogidos por el presidente). El presidente de la República, jefe del Estado nombra y destituye al primer ministro, jefe del gobierno.

El sistema judicial sigue el modelo francés. Comprende el Tribunal Supremo, con sede en Antananarivo, un tribunal de apelación, once tribunales de primera instancia, y tribunales especiales para los órdenes económico y penal. La estructura del gobierno local se basa en la existencia de seis provincias, divididas en subprefecturas, cantones y comunas;

en 2004 se creó un nuevo nivel administrativo inferior a la provincia, la región: hay 22 regiones malgaches. Tras ponerse en marcha la democratización de las estructuras políticas, se inició un proceso de descentralización que dotaba de mayores atribuciones a las administraciones locales.

La única organización política legal desde 1975 hasta 1990 fue el Frente Nacional para la Defensa de la Revolución Socialista de Madagascar, fundado en 1977 a partir de la unión de varios partidos. En la década de 1990 se permitió la actividad de otras fuerzas políticas, lo que dio lugar a la aparición de unos 120 partidos. Tras las elecciones legislativas de 1998, los que tenían mayor representación parlamentaria eran la Asociación para el Renacimiento de Madagascar, Liberalismo Económico y Acción Democrática para la Recuperación Nacional, y la Agrupación para el Socialismo y la Democracia. El Ejército está formado por 13.500 miembros y cuenta con una gendarmería que ejerce funciones paramilitares.