Durch die osmanische Eroberung kam es zur Ausbreitung des Islam in Griechenland. Muslime kamen als Beamte, Militärs und Theologen in größerer Zahl in die griechischen Städte, die durch den Basar, die religiösen Vakuf-Stiftungen, die Moscheen und die ethnisch-religiöse Einteilung der Wohnviertel einen orientalischen Charakter annahmen. Übertritte zum Islam fanden schrittweise statt. Vor allem in den ersten Jahrhunderten gab es zahlreiche Kryptochristen, die nur formal zum Islam übertraten, jedoch im Geheimen ihren christlichen Glauben weiter ausübten. Auf der Peloponnes betrug der Anteil der Muslime 1680 etwa 15 Prozent.

Bis zum Ende des 17. Jahrhunderts existierte wie überall auf dem Balkan die Institution der Knabenlese (griechisch: paidomazoma): Christliche Jungen im Alter von 7 bis 15 Jahren wurden für den osmanischen Militär- und Beamtendienst rekrutiert. Sie mussten zum Islam übertreten und erhielten in Konstantinopel eine mehrjährige hohe Ausbildung. Die meisten wurden anschließend in das Janitscharen-Korps kooptiert, das in den ersten Jahrhunderten ausschließlich aus ehemaligen Christen bestand. Ein anderer Teil der Knaben kam in den Staatsdienst und nahm Stellungen bis hin zum Großwesir ein.