As lutas pelo poder em El Salvador estiveram na origem da guerra civil que causou milhares de mortos e de refugiados, entre 1979 e 1992. No início da década de 1980, os sucessivos governos foram acusados de não respeitar os direitos humanos, de praticar torturas, de matar activistas políticos e de executar pessoas sem julgamento. Na altura, o Governo foi ameaçado por guerrilheiros de esquerda. Os EUA, ao temerem o alastramento do comunismo para norte, enviaram ajudas económicas e militares para o território. Em 1982 Roberto d'Aubuisson, da extrema-direita, passou a liderar o Governo, mas apenas se manteve no poder durante dois anos. Em 1983 foi adoptada uma nova Constituição.

Entre 1982 e 1984, a brutalidade governamental levou a que a opinião pública norte-americana criticasse o apoio dos EUA ao Governo de El Salvador. Em 1984 o país teve as primeiras eleições democráticas e o líder democrata- cristão, José Napoleón Duarte, mais moderado, assumiu o poder.

Para que o processo democrático fosse realmente legitimado, o Governo convidou os guerrilheiros a negociar e a candidatarem-se às eleições. O convite não foi aceite e os combates continuaram. Em 1992 um acordo trouxe o fim da guerra civil e o começo de um período favorável às eleições legislativas livres. Posteriormente o presidente do país começou a governar com uma assembleia legislativa.