La explotación del caucho en el siglo XIX por parte de los colonos llevó al desalojo de los indígenas de sus tierras. En el siglo XX, fruto de la revalorización de las tierras y la siembra de cultivos con altos precios en los mercados internacionales como la coca, aceleró el proceso colonizador y llevó a la fundación y crecimiento de poblados, como San José de Guaviare, formándose una sociedad pluriétnica y culturalmente heterogénea.

Política y administrativamente, el Guaviare perteneció a la provincia de Popayán hasta 1821, cuando pasó a pertenecer a Boyacá. Esta situación se mantuvo hasta 1830. A partir de ese año y hasta 1857 perteneció al Caquetá, que formaba parte del Cauca. En 1910 fue transferida a la comisaría especial del Vaupés hasta 1977, cuando se creó la comisaría del Guaviare. En 1991 se transformó en departamento.