En los valles de Solo y del río Brantas, en Java central, se encontraron los restos de una de las más antiguas formas de vida humana (Pithecanthropus erectus u Homo erectus, también denominado Hombre de Java), aunque a partir del paleolítico y del mesolítico hay pocas huellas de vida humana. Sólo se han encontrado toscos utensilios y herramientas como hachas rectangulares y pinturas rupestres en las islas orientales. Las grandes migraciones, que tuvieron lugar durante mucho tiempo en Asia suroriental, hicieron que en el archipiélago se fusionaran más de cien formaciones lingüísticas y étnicas distintas. Sin embargo, entre los grupos de la costa y los del interior podían detectarse diferencias significativas. Probablemente, ya hace 2.000 años los habitantes de la costa habían desarrollado el cultivo de arroz en campos irrigados (sawah), pero hasta hace poco mucha población del interior dependía todavía de la agricultura itinerante de talado y roza (ladang). El bronce se introdujo en el archipiélago hacia el 300 a.C. desde el norte de Vietnam, Tailandia o China; a partir de entonces se trabajaron tanto el bronce como el hierro. Antes de la penetración de la influencia cultural india, que tuvo lugar en los primeros siglos de la era cristiana, la mayor parte de la población de las islas vivía en grupos políticos que raramente superaban las unidades tribales de base familiar. Las expresiones culturales como el teatro wayang kulit (títeres), la orquesta gamelán y la técnica del batik pueden también proceder de las influencias indias.