La conquista y ocupación del territorio se llevó a cabo hacia 1531, cuando Diego de Ordás hizo su primera incursión en el territorio; a éste le siguieron otros, como Alonso de Herrera, Nicolás Federmann y Hernán Pérez de Quesada. Los llaneros tuvieron durante las guerras de independencia un papel protagonista en la conformación de los ejércitos libertadores.

Este territorio formó parte de los departamentos de Boyacá y Cundinamarca. Desde 1867 fue territorio nacional, y en 1909 fue declarado intendencia, hasta 1959, fecha en que se convirtió en departamento.

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