López Arellano blieb zwölf Jahre an der Macht. Unter seiner Regierung schwächte sich die marode Wirtschaft weiter ab. 1969 kam es nach einem Fußballspiel zwischen der honduranischen und der salvadorianischen Nationalmannschaft zu einem kurzen, aber kostspieligen Krieg (Fußballkrieg) mit El Salvador. Hintergründe des Konflikts waren Grenzstreitigkeiten, vor allem aber die große Anzahl illegaler Einwanderer aus dem dicht besiedelten El Salvador, die die soziale Lage in Honduras zusätzlich verschärften; zudem sah sich Honduras im MCCA benachteiligt. Einen formellen Frieden schlossen die beiden Länder erst 1980 nach langwierigen Verhandlungen.

Aus den Präsidentschaftswahlen von 1985 ging José Azcona Hoyo vom Partido Liberal (PL) als Sieger hervor, 1989 gewann Rafael Leonardo Callejas vom rechtsgerichteten Partido Nacional (PN), und 1993 kam mit Carlos Roberto Reina wieder ein Liberaler an die Macht. Keinem dieser Präsidenten gelang es, die Wirtschaft des Landes grundlegend zu sanieren und die Armut nachhaltig zu bekämpfen. Im Februar 1997 vereinbarten Honduras und El Salvador die Beilegung ihres seit Jahren andauernden Grenzkonfliktes und die Normalisierung ihrer Beziehungen. Wiederholt hatten beide Länder an der gemeinsamen Grenze Truppen mobilisiert. Ursache der Auseinandersetzungen war eine Entscheidung des Internationalen Gerichtshofes, durch die im Jahr 1992 umstrittene Gebiete Honduras zugeschlagen wurden.

Bei den Präsidentschaftswahlen im November 1997 konnte sich der Liberale Carlos Roberto Flores durchsetzen. Flores gelang es nicht, den Grenzkonflikt mit Nicaragua zu entschärfen. Obwohl die beiden Staaten Anfang 2000 einen teilweisen Truppenabzug vereinbarten, kam es wiederholte Male zu Feuergefechten. Die Präsidentschaftswahlen im November 2001 gewann der Kandidat des Partido Nacional, Ricardo Maduro. Er bemühte sich vor allem um einen Erlass der honduranischen Schulden bei Weltbank und Internationalem Währungsfonds, und zwar mit Erfolg. Honduras gehörte zu den am höchsten verschuldeten Ländern, nicht zuletzt deshalb, weil das ohnehin schon arme Land in den vorangegangenen Jahren von einer Reihe von Naturkatastrophen heimgesucht und zur Inanspruchnahme von internationaler Unterstützung gezwungen worden war: 1998 zerstörte der Hurrikan Mitch weite Teile des Landes, vernichtete fast die gesamte Ernte und forderte Tausende Todesopfer; 1999 richtete ein Hochwasser große Schäden an; 2001 folgte eine Dürre, die wieder große Teile der Ernte vernichtete, und wenige Monate später schloss sich erneut ein Hochwasser an. Und immer wieder wurden die Aufbauarbeiten durch neue Hurrikane gehemmt oder gar zerstört. Die große Armut – Honduras ist eines der ärmsten Länder Amerikas – hatte auch eine zunehmende, das öffentliche Leben teilweise lähmende Kriminalität zur Folge. Zum Problem entwickelten sich vor allem die äußerst brutalen Jugendbanden (Maras), gegen die die Regierung mit einer harten Gesetzgebung und sogar dem Einsatz der Armee vorging, jedoch ohne nachhaltigen Erfolg.

Manuel Zelaya

Die Präsidentschaftswahlen im November 2005 gewann mit Manuel Zelaya Rosales wieder ein Kandidat der Liberalen. Er versprach vor allem nachhaltige Maßnahmen gegen die Kriminalität. Im Juni 2009 wurde Zelaya vom Militär gestürzt und nach Costa Rica ausgeflogen. Das Parlament ernannte daraufhin Roberto Micheletti zum Interimspräsidenten. Als Reaktion darauf wurde Honduras aus der Organisation Amerikanischer Staaten ausgeschlossen (OAS). Die Staatskrise war ausgelöst worden, weil Zelaya sich über ein Urteil des Obersten Gerichtshofes hinwegsetzen wollte, das eine von ihm initiierte Volksbefragung zur Verfassungsänderung für illegal erklärt hatte. "Honduras," Microsoft® Encarta