Zu den gravierendsten innenpolitischen Problemen Indonesiens gehörte der religiöse Konflikt zwischen Muslimen und Christen auf den Molukken, der sich zum Bürgerkrieg entwickelte. Darüber hinaus sah sich die Regierung nach der Abspaltung Osttimors auch in anderen Landesteilen mit Autonomiebestrebungen konfrontiert, insbesondere in Aceh.

Bei einem Terroranschlag am 12. Oktober 2002 in dem Ferienort Kuta auf der Insel Bali kamen über 200 Menschen, zum großen Teil Touristen, ums Leben, mehrere Hundert wurden verletzt. Es war dies das schwerste Attentat seit den Terroranschlägen vom 11. September 2001 auf Ziele in den USA. Die mutmaßlichen Täter bzw. Hintermänner, die relativ rasch gefasst wurden, wurden der radikalen islamistischen Organisation Jemaah Islamiya zugerechnet, die wiederum vermutlich in Verbindung zu dem islamistischen Terrornetzwerk al-Qaida steht. Ziel der Organisation Jemaah Islamiya ist die Errichtung eines theokratisch verfassten Staates, der alle vorwiegend muslimischen Länder Südostasiens in sich vereint. Ein Anschlag auf ein Luxushotel einer amerikanischen Kette in der Hauptstadt Jakarta am 5. August 2003 ging relativ glimpflich aus: Zehn Menschen starben, etwa 150 wurden verletzt. Jemaah Islamiya bekannte sich zu dem Anschlag und kündigte zugleich weitere an. Diese beiden Anschläge führten besonders deutlich vor Augen, dass Indonesien inzwischen zu einem wichtigen Stützpunkt des islamistischen Terrorismus geworden war. Die Regierung Megawati Sukarnoputri reagierte mit drastischen Antiterrormaßnahmen.

Am 5. April 2004 fanden in Indonesien Lokal- und Regionalwahlen sowie die Wahlen zum nationalen Parlament statt. Aus Gründen der Transparenz wurden diese Wahlen – die zweiten freien Wahlen seit dem Sturz Suhartos – im Freien abgehalten, und zwar in etwa 600 000 improvisierten Wahllokalen. Stärkste Kraft wurde mit 21,6 Prozent der Stimmen die Golkar-Partei des früheren Staatschefs Suharto. Die PDI-P der Staatspräsidentin Megawati Sukarnoputri verlor gegenüber 1999 etwa 15 Prozentpunkte und wurde mit 18,5 Prozent nur noch zweitstärkste Partei, gefolgt von der PKB des früheren Präsidenten Wahid mit 10,6 Prozent der Stimmen. Bei den Präsidentschaftswahlen – es waren die ersten direkten – vereinte im ersten Wahlgang am 5. Juli 2004 der ehemalige General und zeitweilige Sicherheitsminister in der Regierung Megawati, Susilo Bambang Yudhoyono, die meisten Stimmen auf sich, verfehlte mit etwa 33 Prozent jedoch die absolute Mehrheit. In der Stichwahl am 20. September 2004 setzte sich Yudhoyono mit etwa 61 Prozent der Stimmen klar gegen Megawati durch, obwohl er, anders als Megawati, kaum Rückhalt in der indonesischen Parteienlandschaft hatte. Seine Partei, die Demokratische Partei, hatte er erst nach seinem Ausscheiden aus der Regierung Megawati im März 2004 gegründet. Trotzdem hatte sie bei den Parlamentswahlen im April mit ihrem Programm gegen Nepotismus und Korruption und für demokratische Reformen auf Anhieb 7,5 Prozent der Stimmen erreicht.

Susilo Bambang Yudhoyono

Am 20. Oktober 2004 wurde Yudhoyono in seinem neuen Amt vereidigt. Den Kampf gegen den Terrorismus sowie die Belebung der Wirtschaft nannte er als wichtigste Aufgaben seiner Regierung, die sich zu großen Teilen aus Technokraten zusammensetzte. Das Seebeben und der nachfolgende gewaltige Tsunami, die am 26. Dezember 2004 ganze Küstenregionen in Südasien zerstörten, trafen Indonesien am heftigsten: Zunächst richtete das Beben mit einer Stärke von 9,0 auf der Richterskala, dessen Epizentrum unmittelbar vor der Nordwestküste der Insel Sumatra lag, schwere Schäden an, insbesondere in der Provinz Aceh. Die durch das Beben ausgelöste verheerende Flutwelle verwüstete dann die Nordwest- und die Nordküste Sumatras völlig; die Provinzhauptstadt Banda Aceh etwa wurde fast völlig zerstört. In Indonesien kamen mindestens 220 000 Menschen ums Leben, mehr als die Hälfte davon allein in der Provinz Aceh, Hunderttausende wurden obdachlos.

Die Tsunami-Katastrophe gab den Anstoß für die Wiederaufnahme der Verhandlungen zwischen der Regierung und den GAM-Rebellen in Aceh. Ab Ende Januar 2005 verhandelten die Konfliktparteien unter der Leitung des früheren finnischen Staatspräsidenten Martti Ahtisaari in Helsinki; am 15. August 2005 unterzeichneten sie ein Friedensabkommen. Darin gestand die indonesische Regierung der Provinz Aceh weit reichende Autonomie zu, sagte ihr 70 Prozent der Erlöse aus den Erdöl- und Gasvorkommen und den anderen Ressourcen zu und kündigte den Abzug etwa der Hälfte ihrer 50 000 in Aceh stationierten Sicherheitskräfte an. Im Gegenzug verzichteten die Rebellen formell auf ihre Forderung nach Unabhängigkeit der Provinz und verpflichteten sich, innerhalb von drei Monaten ihre Waffen abzugeben. Zur Überwachung des Abkommens wurde die EU-geführte Aceh Monitoring Mission installiert. Ende 2005 hatte Indonesien den vereinbarten Abzug der Sicherheitskräfte abgeschlossen, und die Rebellen hatten ihre Waffen abgegeben, womit der Bürgerkrieg offiziell als beendet galt. Zudem hatte Indonesien etwa 2 000 inhaftierte GAM-Rebellen amnestiert.

Aus den Parlamentswahlen vom April 2009 ging die Demokratische Partei des Präsidenten Yudhoyono mit einem Stimmenanteil von etwa 20 Prozent als stärkste Kraft hervor. Der der Amtsinhaber Yudhoyono wurde bei den Präsidentschaftswahlen im Juli 2009 mit deutlicher Mehrheit wiedergewählt.

Hilfe für die Tsunami-Opfer in Aceh. Encarta