Sin embargo, la fuerza que liberaría al Perú del dominio español llegaría del exterior. En septiembre de 1820 el general José de San Martín, que había derrotado a las fuerzas españolas en Chile, desembarcó con su ejército en el puerto peruano de Pisco; en julio de 1821 el ejército de San Martín entró en Lima, que había sido abandonada por las tropas españolas. La independencia del Perú se proclamó el 28 de julio. La lucha contra los españoles sería continuada después por el libertador venezolano Simón Bolívar, que entró en el Perú con su ejército en 1822. La fase final de la emancipación americana se inició con la batalla de Junín, que se libró el 6 de agosto de 1824, y se selló definitivamente con la derrota de las fuerzas españolas en la batalla de Ayacucho el 9 de diciembre del mismo año.

Los años siguientes fueron terriblemente caóticos. A Bolívar, que había abandonado el país para crear la Gran Colombia, le sucedieron en el poder sus oficiales, los llamados ‘mariscales de Ayacucho’. Andrés Santa Cruz gobernó entre 1826 y 1827 en calidad de presidente del Consejo de Estado peruano, toda vez que se había producido el alejamiento de Bolívar, y fue reemplazado por José de la Mar, que a su vez sería sustituido por Agustín Gamarra en 1829, quien gobernó hasta 1833. Entretanto, Santa Cruz se había convertido en presidente de Bolivia y en 1836 invadió el Perú, estableciendo una confederación entre los dos países que duraría tres años, tras los cuales Gamarra tomó el poder de nuevo (véase Confederación Perú-boliviana). No obstante, el país no disfrutaría de la paz hasta 1845, año en que el general Ramón Castilla, veterano también de Ayacucho, tomó posesión de la presidencia. Castilla fue un hábil gobernante que en los dos periodos de su mandato inició numerosas e importantes reformas, como la abolición de la esclavitud, la construcción de vías férreas y de instalaciones telegráficas, así como la adopción en 1860 de una Constitución liberal.