Dos años después, el antiguo primer ministro Segni, que había sido ministro de Asuntos Exteriores en el gobierno Fanfani, resultó elegido presidente de la república.

En 1962, las elecciones municipales sirvieron para confirmar el fuerte apoyo popular a los partido gobernantes y la pérdida de prestigio de los comunistas, que por primera vez en muchos años perdían la confianza de los votantes. Posteriormente, la falta de entendimiento entre los partidos que apoyaban al gobierno era cada vez mayor, sobre todo como consecuencia de la crítica comunista hacia la política de Fanfani, al que los comunistas acusaban de no haber sabido promover reformas económicas y asegurar el desmantelamiento de las bases de misiles de la OTAN en territorio italiano.

Aunque en enero de 1963 todos los partidos acordaron seguir apoyando a su gobierno, las elecciones al Parlamento de los días 28 y 29 de abril marcaron el comienzo del declive del gobierno Fanfani. El voto democristiano bajó al 38,3%, mientras que el comunista subía hasta el 25,3%. Fanfani dimitió el 16 de mayo pero siguió al frente del gobierno provisional hasta que Giovanni Leone, presidente de la Cámara de Diputados, formó un gobierno provisional en el que los democristianos estaban en minoría.