A mediados de mayo la revolución fracasó en Nápoles, y el 24 de julio los austriacos derrotaron a los piamonteses. Un armisticio, contra el que se manifestó más tarde el rey Carlos Alberto, permitió a los piamonteses abandonar Lombardía. El rey fue finalmente derrotado en la batalla de Novara en marzo de 1849, y después abdicó en favor de su hijo, Víctor Manuel II.

Mientras tanto, Pío IX fue acusado por los elementos radicales de no haber dado su apoyo a la guerra en favor de la independencia. En Roma estalló una revuelta popular que obligó al Papa y a su más cercano consejero, el cardenal Giacomo Antonelli, a huir de la ciudad en noviembre de 1848. En su ausencia se proclamó la república.

A principios del año 1849, el cardenal Antonelli pidió ayuda a las autoridades católicas de Francia, Austria, España y Nápoles para acabar con este régimen. A pesar de los esfuerzos de Mazzini, que estaba al frente del gobierno, y del líder militar Giuseppe Garibaldi, los austriacos atacaron desde el norte y los españoles y napolitanos desde el sur, permitiendo al ejército francés ocupar Roma en julio de 1848. De esta forma el poder papal fue restaurado.