En el litoral se encuentran las lagunas de Teacapan, Agua Brava y Mezcatitlán y el estero de Camichín; las bahías de San Blas, Banderas y Jaltemba; las islas Marías, las islas Marietas y la isla Isabel. El sistema hidrológico está formado por los ríos Lerma-Chapala-Santiago, Acaponeta, Huicicila y Ameca.
El clima del estado es muy variado, debido a su relieve: en la llanura costera del Pacífico es cálido subhúmedo, en las laderas bajas de las sierras es semicálido y en las partes altas de la sierra Madre occidental es templado subhúmedo. La vegetación de interior está representada por bosques de pino, encino, madroño, enebro, nogal, tila y fresno; la de la selva por el cucharo, la pata de cabra, el papelillo amarilo, el copal y la ceiba; y la costera por el mangle negro, vidrillo, uña de gato y coquito de aceite. Mientras que la fauna está integrada principalmente por: venado cola blanca, gato montés, puma, jabalí de collar, tigrillo, ocelote, jaguar, zorrillo, tejón, coyote, paloma montañesa, chachalaca, cojólite, armadillo, conejo, pichichi y pájaro bobo.

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