Les Ottomans jouent désormais un rôle plus direct, mais les réformes inspirées du modèle européen (Tanzimat) viennent trop tard. La rupture entre les communautés a été favorisée par la politique de Béchir II. La rivalité entre les puissances européennes, française et britannique, qui convoitent les territoires ottomans, joue également un rôle dans les massacres intercommunautaires : la première soutient la communauté maronite — Napoléon III envoie 6 000 hommes pour protéger les chrétiens — tandis que la seconde appuie la féodalité druze.

Pour la première fois en 1841, la chaîne du Liban est divisée en deux territoires, sur une base confessionnelle : les maronites sont concentrés au nord, les druzes, au sud. Les affrontements prennent fin en 1864, avec la signature d’un accord mettant en place une nouvelle administration.

Celle-ci est imposée aux Ottomans par les puissances européennes concernées par la question d’Orient (la France, la Grande-Bretagne, l’Autriche-Hongrie, la Russie). Selon ce protocole, un Petit-Liban est constitué, tandis que les périphéries nord et sud de la chaîne du Liban et de la Bekaa sont rattachées à la province ottomane de Syrie. Le statut du Petit-Liban jette les bases de la partition confessionnelle de la vie politique : sa gestion en est confiée à un gouverneur ottoman, nécessairement chrétien, placé sous le contrôle des consuls européens. Une assemblée délibérante siège auprès du gouverneur ; les membres en sont des représentants des communautés religieuses. Le nouveau système politique est donc fondé sur la représentation des diverses communautés.