A causa de sus intereses en Corea, Japón entró inevitablemente en conflicto con Rusia, que por entonces se había expandido por el noreste de Asia. El resentimiento contra Rusia era elevado, ya que este país había sido la causa principal por la que Japón perdió la península de Liaodong después de la guerra con China. Los dos países firmaron un tratado en 1898, que garantizaba la independencia de Corea, aunque se garantizaba la preeminencia de sus intereses comerciales. En 1900, después de la rebelión Bóxer en China, Rusia ocupó Dongbei Pingyuan (Manchuria) y, desde allí, comenzó a internarse en el norte de Corea; mientras Japón y Gran Bretaña acordaban en 1904 una alianza militar.

En 1904, tras repetidos intentos de negociación, Japón rompió las relaciones diplomáticas con Rusia y atacó la posesión rusa de Port Arthur (ahora parte de Lüda), en el sureste de Dongbei Pingyuan (Manchuria), comenzando así la Guerra Ruso-japonesa que supuso el segundo éxito militar de Japón en una guerra moderna en menos de 18 meses. El tratado de paz, alcanzado por la mediación del presidente estadounidense Theodore Roosevelt, se firmó en Portsmouth (New Hampshire), el 5 de septiembre de 1905; Japón consiguió la península de Liaodong, el territorio de Guangdong (Kwangtung) y la mitad sur de la isla de Sajalín, que se denominó Karafuto. Además, Rusia reconoció la presencia de Japón en Corea, sujeta rápidamente a la hegemonía japonesa.