Compte tenu de la taille du pays, de sa configuration insulaire et morcelée, et de sa diversité ethnique, la création puis le maintien de l’unité nationale ont toujours constitué une priorité pour les dirigeants indonésiens. À cette fin, la Constitution établit les cinq idéaux qui doivent fonder la philosophie du système politique indonésien (philosophie du Pancasila ou Cinq Piliers), à savoir la croyance en Dieu, l’humanisme, le nationalisme, la souveraineté du peuple et la justice sociale.

La Constitution indonésienne a fait l’objet d’importants amendements en 2002, dans le cadre des réformes démocratiques entreprises à la suite de la chute du dictateur Suharto, resté à la tête du pays de 1967 à 1998. Ces réformes instituent notamment l’élection au suffrage universel direct du chef de l’État et le bicaméralisme au Parlement.

Le chef de l’exécutif est le président, élu au suffrage universel direct pour un mandat de cinq ans. Le président de la République est à la fois le chef de l’État et le chef du gouvernement. Il a un pouvoir étendu et peut gouverner par décret en cas d’urgence. C’est lui qui nomme et dirige les ministres.

Le pouvoir législatif est exercé par un Parlement bicaméral, le Madjelis Permusyawaratam Rakyat (MPR), constitué de la Chambre des représentants (Dewan Perwakilan Rakyat, DPR), et d’une assemblée régionale, la Chambre des représentants régionaux (Dewan Perwakilan Daerah, DPD). Le DPR est formé de 550 membres élus pour cinq ans au suffrage universel. Il approuve les lois et peut soumettre des projets de loi au président pour ratification. Le DPD est composé de 128 membres élus au suffrage universel pour un mandat de cinq ans.

L’Indonésie compte trois grands partis politiques (les seuls autorisés à participer aux scrutins électoraux avant 1998). Le plus important est le Golkar (abréviation de Golongan Karya, fédération de « groupes fonctionnels »), l’ancien parti unique créé en 1964.