Se proclamó la República, con Fonseca como jefe del gobierno provisional. La separación de Iglesia y Estado y otras reformas republicanas fueron decretadas enseguida. La redacción de una constitución se completó en junio de 1890. Similar a la Constitución de Estados Unidos, aquélla entró en vigor en febrero de 1891, y Brasil se convirtió en una república federal, oficialmente llamada Estados Unidos de Brasil. Fonseca fue elegido su primer presidente.

La turbulencia política, debida esencialmente a la carencia de tradiciones democráticas nacionales y a la inexperiencia, marcó los primeros años de la nueva república. Durante 1891 se levantó una fuerte oposición en el Congreso a las políticas arbitrarias y los métodos del presidente Fonseca, quien, en respuesta, disolvió la cámara a principios de noviembre y asumió el poder de forma dictatorial. Una posterior revuelta naval ese mismo mes le forzó a renunciar en favor del vicepresidente Floriano Peixoto. El gobierno de Peixoto, otro régimen dictatorial, sobrevivió a una rebelión militar y naval