Bajo la dirección de Emilio Aguinaldo, jefe de las fuerzas rebeldes, las insurrecciones tuvieron éxito al principio. Sin embargo, los refuerzos provenientes de España, dirigidos por el general Camilo Polavieja aplastaron la rebelión a principios de 1897 y, en agosto de ese año, Aguinaldo y el gobernador militar español el general Fernando Primo de Rivera (que había sustituido a Polavieja) firmaron el Pacto de Biac-na-bató, por el que los españoles garantizaban que realizarían reformas en el plazo de tres años. El pacto suponía la salida de los dirigentes filipinos de las islas a cambio de una cantidad de dinero y Aguinaldo se marchó a Hong Kong con sus compañeros. El comienzo de la guerra Hispano-estadounidense, que estalló el 21 de abril de 1898, aceleró los acontecimientos: el 1 de mayo, la flota de los Estados Unidos derrotó a la española en la batalla de Cavite, en la bahía de Manila.

Tras la derrota española, Aguinaldo volvió a las islas el 19 de mayo y proclamó la república independiente de Filipinas. Sin embargo, según los términos del Tratado de París (10 de diciembre de 1898), España se vio obligada a ceder el archipiélago a Estados Unidos a cambio de 20 millones de dólares, y el 21 de diciembre éstos proclamaron el inicio de un gobierno militar estadounidense. Aguinaldo y sus colaboradores se negaron a reconocer la dominación estadounidense. En Malolos, en Luzón central, se estableció un gobierno provisional filipino el 23 de enero de 1899. La tensión se incrementó, y el 4 de febrero comenzaron las hostilidades en Manila cuando una patrulla filipina provocó un incendio en un cuartel estadounidense. Las tropas de Estados Unidos derrotaron a los insurrectos, por lo que en noviembre de 1899 los filipinos volvieron a las actividades guerrilleras. Aguinaldo fue capturado el 23 de marzo de 1901 y