Nel novembre del 2004 il governo di Giacarta lanciò una poderosa offensiva militare contro i separatisti di Aceh; nelle operazioni trovarono la morte più di 2000 persone, tra cui molti civili.

Il 26 dicembre l’Indonesia fu raggiunta, con altri paesi del golfo del Bengala, da un’onda anomala (il cosiddetto tsunami). La penisola di Aceh subì i danni più gravi; il capoluogo Banda Aceh e molti centri della costa occidentale della provincia furono infatti letteralmente cancellati dalla forza delle onde, che causò decine di migliaia di vittime. La tragedia favorì tuttavia una ripresa del dialogo tra governo e forze separatiste, che nell’agosto 2005 firmarono un primo accordo per il disarmo della guerriglia e il ritiro dell’esercito dalla provincia, alla quale venne promessa un’ampia autonomia. Il processo di pace culminò nel dicembre 2006 con le elezioni locali e con la nomina del leader del movimento separatista Irwandi Yusuf alla carica di governatore della provincia.