Cerca del 30,8% (2007) de la tierra de Guatemala está protegida como área natural. Se pueden mencionar: la Reserva de la Biosfera Maya, una zona protegida de selva lluviosa tropical y humedales en la región de Petén, que ha sufrido una deforestación extensiva, y la Reserva de la Biosfera de la Sierra de las Minas, además de numerosos parques nacionales como El Quetzal, Lacandón o Machaquilá, entre otros. Muchos agricultores locales practican la agricultura de tala y quema, un sistema tradicional que daña el suelo y permite la práctica agrícola durante un número limitado de años. Numerosos grupos ecologistas, tanto locales como internacionales, están buscando la manera de salvar este valioso territorio antes de que sea totalmente deforestado.

Guatemala es miembro de tratados internacionales relativos a biodiversidad, cambio climático, especies en peligro de extinción y humedales (Convención de Ramsar).