El gobierno de Honduras ha declarado protegido el 20% (2007) de la superficie total del país. Esto incluye el área de la Reserva de la Biosfera de Río Plátano que fue declarada Patrimonio de la Humanidad en 1982. Esta zona, que comprende unas 350.000 ha, figura entre las últimas franjas de selva tropical húmeda que quedan en Centroamérica. Sin embargo, incluso esta reserva está en peligro. En los últimos años ha sido víctima de talas ilegales, intrusiones agrícolas y caza furtiva comercial. El gobierno ha ratificado acuerdos medioambientales internacionales relativos a biodiversidad, cambio climático, desertización, especies en peligro de extinción, vertidos peligrosos, derecho del mar, vertidos en el mar, prohibición de ensayos nucleares, protección de la capa de ozono, madera tropical y humedales (Convención de Ramsar).