La contaminación de ríos, lagos, y aguas subterráneas en Hungría son el resultado de los efluentes industriales, gran parte de los cuales llegan al agua sin haber sido tratados. Las aguas residuales con un tratamiento deficiente también contribuyen a la contaminación del agua, ya que un gran porcentaje de la población del país no tiene acceso a instalaciones sanitarias adecuadas. El lago Balatón, el más grande de Europa central, está gravemente contaminado.

Los suelos también pueden contaminarse con los vertidos químicos de las industrias locales. Dado que Hungría comparte su principal vía de agua, el Danubio, con otros países europeos, los problemas de contaminación que afectan a los países vecinos afectan habitualmente a Hungría y viceversa.

El suelo cultivable y los cultivos permanentes cubren el 53,6% (2005) del territorio de Hungría, siendo un porcentaje elevado en comparación con otros países de la región. Los bosques constituyen sólo el 21,2% (2005), pero los programas de reforestación han impulsado la recuperación de suelo boscoso. Aproximadamente el 8,9% (2007) del territorio de Hungría está protegido como parque y otras reservas naturales, lo que impide el desarrollo pero no los efectos nocivos de la lluvia ácida y la contaminación del agua.

Hungría forma parte de tratados internacionales relativos a la contaminación del aire, biodiversidad, cambio climático, especies en peligro de extinción, residuos peligrosos, vertidos marinos y humedales.