Até meados do século XVI, a coroa portuguesa obteve o monopólio do tráfico das especiarias, destronando, assim, a posição até aí dominante de Veneza. Lisboa, invadida pelos grandes mercadores europeus, era capital de um império cujo coração batia em Goa e nas demais feitorias do Índico, em ligação com as ilhas das especiarias do sudoeste asiático, mas também com os entrepostos africanos e com a feitoria portuguesa estabelecida na Flandres. O Estado da Índia, cujas bases foram lançadas por Afonso de Albuquerque, assentava no controlo dos mares e numa rede de pontos-chave de comércio. Em meados do século XVI, os portugueses comerciavam pela primeira vez na China e no Japão, onde uma importante acção de missionação foi levada a cabo pela Companhia de Jesus.
A mudança na conjuntura imperial iniciou-se em meados do século XVI. As principais feitorias do Índico e da Insulíndia foram atacadas pelas novas potências coloniais europeias e a rota do cabo voltou a perder para a levantina. Ao mesmo tempo, a colonização da terra brasileira dava passos firmes com o início da produção açucareira. O açúcar entrava num circuito atlântico triangular, que tinha os seus outros vértices em Lisboa e na costa ocidental africana, de onde seguia a mão-de-obra escrava para as plantações brasileiras. Começava a viragem do centro de gravidade do império para o Atlântico.