Il 62% del territorio è coperto da foreste, costituite soprattutto dall’olmo, dall’hickory, dalla quercia, dal cedro, dal pino, dal pecan (un albero simile al noce) e dalla magnolia. Tra le piante da fiore tipiche dello stato si citano l’azalea, la camelia, l’iris e la violetta.

Il cervo è l'animale maggiormente presente in Mississippi; gli altri mammiferi tipici sono il castoro, la volpe, l’opossum, il coniglio selvatico, la moffetta e lo scoiattolo. Tra gli uccelli più diffusi si annoverano l’anatra, la quaglia e il tacchino selvatico; durante l'inverno l’anatra migratrice, l’airone e la sterna nidificano sulle isole Horn e Petit Bois. Il pesce persico, la carpa e il pesce gatto popolano le acque dolci; il granchio, l’ostrica, il gamberetto e lo sgombro quelle marine.